Большие успехи за последние несколько лет достигнуты коллективом кафедры факультетской хирургии, основанной Н.И. Пироговым в 1841 году и носящей имя выдающегося отечественного хирурга и ученого Сергея Петровича Федорова.
Богатая своими традициями кафедра факультетской хирургии вступила в новый этап своего развития в начале настоящего столетия. Благодаря материально-техническому прогрессу в академии в целом, клиника полностью преобразилась за короткий период времени. Под руководством члена-корреспондента РАМН профессора Н.А. Майстренко она стала одним из ведущих лечебных и научных центров абдоминальной и эндокринной хирургии в Санкт-Петербурге. Профессорско-преподавательский состав кафедры включает в себя 10 докторов и 8 кандидатов медицинских наук.
В течение уже 35 лет коллектив клиники факультетской хирургии успешно занимается лечением язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Многочисленные фундаментальные научные труды по этой проблеме получили всеобщее признание в нашей стране. Одним из приоритетных направлений, начатых еще С.П. Федоровым, является гепатобилиарная хирургия. Кафедра считается одним из законодателей мод в лечении чрезвычайно распространенной желчнокаменной болезни и ее осложнений. Продолжением славных традиций является разработка проблемы хирургических заболеваний эндокринных органов. Клиника входит в состав ведущих отечественных центров по лечению опухолей надпочечников. В течение последних 10 лет большие успехи достигнуты в эндовидеохирургии органов брюшной полости и забрюшинного пространства. Необходимо отметить, что ряд оперативных вмешательств были впервые выполнены специалистами клиники факультетской хирургии. Помимо традиционно приоритетных научных направлений на кафедре разрабатываются вопросы патофизиологии пищеварительного тракта, колопроктологии, искусственного питания хирургических больных, применения современных физических способов диссекции и коагуляции тканей. По перечисленным проблемам только за последние 10 лет сотрудниками кафедры факультетской хирургии защищено 9 докторских и 10 кандидатских диссертаций, издано 15 монографий и руководств, опубликованы десятки научно-практических статей в различных журналах.
Благодаря капитальному ремонту функциональных подразделений клиники и оснащению ее современной лечебно-диагностической аппаратурой удалось существенно повысить уровень и качество оказания хирургической помощи как в плановом порядке, так и по неотложным показаниям. Только за прошедший год около 2000 больных получили высококвалифицированное лечение в клинике факультетской хирургии имени С.П. Федорова. По уровню профессиональной подготовки врачебного и среднего медицинского персонала, технической оснащенности и комфортабельности стационара клиника по праву является одной из лучших в городе.