В 1940 году при кафедре нормальной физиологии Военно-морской медицинской академии организуется курс специальной физиологии ВМФ, на котором осуществлялась первичная подготовка курсантов и усовершенствование военно-морских врачей по вопросам водолазной медицины и спасения личного состава аварийных подводных лодок.
В 1952 году на базе курса была создана кафедра спецфизиологии (физиологии подводного плавания и аварийно-спасательного дела с 1962 года, физиологии подводного плавания с 1990 года). С момента образования кафедра является ведущим учебно-методическим центром, где проводится первичная подготовка военных врачей по физиологии подводного плавания и их последипломное образование (специализация и усовершенствование) по «Физиологии подводного плавания и аварийно-спасательного дела» как нашей страны, так и иностранных государств. Кроме того, на кафедре осуществляется обучение врачей Минздравсоцразвития, других министерств и ведомств по «Гипербарической оксигенации» и «Водолазной медицине».
Сегодня кафедра физиологии подводного плавания Военно- медицинской академии им. С.М.Кирова является хорошо известным как у нас в стране, так и за рубежом, учебным, научным и лечебным центром, осуществляющим первичную подготовку и последипломное образование врачей по водолазной медицине; проводящим научные исследования по гипербарической физиологии, медицинскому обеспечению водолазных и поисково-спасательных работ на море, баротерапии, физиологии труда морских специалистов; оказывающим квалифицированную медицинскую помощь больным со специфической водолазной патологией, а также соматическим больным методами баротерапии и воздействия импульсным электрическим током на центральную нервную систему.
Заведующий кафедрой – доктор медицинских наук профессор полковник медицинской службы запаса Мясников Алексей Анатольевич.