Кафедра и клиника госпитальной хирургии основана 3 марта 1841 года великим хирургом профессором Николаем Ивановичем Пироговым —Предложение о переходе на службу в Санкт-Петербургскую Медико-хирургическую академию талантливый ученый, имя и труды которого уже были широко известны не только в России, но и в Европе, получил несколько раньше — в 1840 году. В стенах госпитальной хирургической клиники Н. И. Пирогов трудился более 15 лет. Эти годы по праву признаются периодом наивысшего расцвета его творчества. После ухода Н. И. Пирогова из академии кафедру госпитальной хирургической клиники с 1856 по 1903 годы занимали его ученики и последователи: П. Ю. Неммерт, А. А. Киттер, Е. И. Богдановский, Н. А. Круглевский, В. А. Ратимов. С 1903 года кафедру госпитальной хирургии возглавил выдающийся русский хирург Сергей Петрович Федоров. С его приходом в клинику получили развитие и широкое использование различные эндоскопические исследования, установлен первый в России рентгеновский аппарат, расширена клиническая лаборатория, создан музей патологоанатомических препаратов.
Под руководством профессора С.П. Федорова детально разработаны диагностика, показания и различные методы оперативного лечения заболеваний желчных путей, мочеполовой системы. Впервые в стране применена цистоскопия с катетеризацией мочеточников, в деталях описана диагностика и лечение туберкулеза и рака почек. Им одним из первых в России стали производиться операции при опухолях головного мозга, для этой цели был внедрен специальный инструментарий. Впервые в стране в клинке госпитальной хирургии ведено переливание крови в качестве научно разработанного метода. Учениками С.П. Федорова профессорами В.Н. Шамовым и Н.П. Еланским в 1923 году опубликованы данные об агглютинирующих свойствах сыворотки человеческой крови и приготовлены стандартные сыворотки для определения групповой принадлежности крови. Среди работ, вышедших из стен кафедры, получила известность монография Н.Н. Еланского «Переливание крови» (1924 г.). Она стала первым в нашей стране подобным руководством и практическим пособием по переливанию крови. Большое внимание было уделено проблемам анестезиологии.
В те годы в клинике госпитальной хирургии появляется пристальный интерес к проблеме хирургии легких. Еще ранее, в клинике профессора А.А. Боброва, С.П. Федоров проводил исследования в области диагностики нагноительных заболеваний, эхинококкоза, грибковых поражений легких, занимался хирургическим лечением таких больных. При некоторых осложнениях пневмонии выполнялась пневмотомия, а при хронической эмпиеме плевры — пневмотомия и резекция ребер. В 1928 году в клинике госпитальной хирургии С. П. Федоровым произведены две операции на легких — при саркоме и эхинококке. Фактически в госпитальной хирургической клинике была подготовлена возможность открытия легочного отделения. Ко времени завершения своей профессорской и врачебной деятельности профессору С.П. Федорову удалось заложить основы специализации врачей по отдельным разделам хирургии. Научные направления и идеи, получившие формирование в стенах госпитальной хирургической клиники, продолжили и развили многочисленные ученики профессора С.П. Федорова. Среди них большая плеяда выдающихся хирургов: П.А. Куприянов, В.Н. Шамов, А.Л. Поленов, И.С. Колесников, Н.Н. Еланский, И.Д. Житнюк, А.В. Мельников, В.Н. Шевкуненко, В.И. Добротворский, А.В. Смирнов, А.Ю. Созон-Ярошевич и др. С 1930-х годов в академии происходят реформы в организации учебного процесса. С 1937 года преподавание госпитальной хирургии с курсом военно-полевой хирургии было поручено профессору С.С. Гирголаву.
Профессор Б.Н. Котив
С этого времени кафедра госпитальной хирургической клиники окончательно разместилась в здании бывшей академической акушерской клиники на Боткинской улице в доме № 23. В последующие годы — с 1953 года, после ухода профессора С.С. Гирголава, кафедру госпитальной хирургии (а с 1991 по 2006 год — торакальной хирургии) последовательно возглавляли: И.С. Колесников, М.И. Лыткин, С.А. Шалаев. С 1994 гола руководителем кафедры являлся профессор Л.Н. Бисенков, а с 2007 года клиникой руководит профессор Б.Н. Котив.